超微粉碎技術在中藥領域的應用，已經體現出了一定的優勢，隨著該技術的進一步發展，必將給中藥現代化帶來新的活力。但是，超微粉碎技術在中藥領域的應用和時間不長，所以不可避免的出現了一些問題，具體如下：

　　（1）必須根據藥材性質和臨床需要來選擇重要的粉碎方法，從藥材本身的性質來看有些適合超微粉碎，有些則不適合。

　　（2）中藥經超微粉碎后，由于粒徑的減小容易導致表面能增加，使顆粒處于不穩定狀態；流動性差，易聚集形成假大顆粒；可濕性增加，易吸潮；吸附性增加，易吸附空氣中的雜質，這些都不利于微粉中藥的制劑、保存、運輸。

　　（3）超微粉碎在發揮單一藥材藥效方面有很大的優勢，解決了一些煎煮的麻煩和有效成分在煎煮過程中受熱分解或水解而被破壞的問題。

　　（4）超微粉碎技術是涉及多學科的高新粉碎技術，它應用于中藥領域，也還存在著不少工藝、質控等方面的問題。

　　導致溫度過高, 粉碎過程中有部分機械能轉變為熱能.造成某些物料的損失,或有的受熱而分解,或有的變枯、變軟,影響粉碎的正常運行,粉碎過程必須采取適當的降溫措施。一般情況下,粉碎機械的效率很低,其余的能量消耗在:未粉碎粒子的彈性變形;物料在粉碎室內的遷移;粒子間的摩擦;粒子與粉碎機械間的摩擦;生熱;振動與噪音;電機與傳動裝置的損耗等。粉碎引起表面能的增加,由于表面自由能會趨向降低,已粉碎的粉末有重新結聚的傾向,故不穩定。重新結塊在粉碎過程中和粉碎后都會存在,粉碎過程中的危害主要是使效率過低,溫度升高;粉碎之后的危害主要是成品在使用時浸出率的降低。中藥的質量控制是藥品生產和安全使用的保證。